Nacido en Santafé de Bogotá (Colombia), el 30 marzo de 1830, fue bautizado por el ritual católico como José María Torres Caicedo. La orfandad en que lo dejó la muerte de sus padres, el matemático Julián Torres y Peña y su esposa Tadea Caicedo Villegas, le destinó pobrezas de las que logró levantarse gracias a la protección de monseñor Manuel José Mosquera, quien lo tuteló hasta obtener el doctorado en Derecho Civil (1853) en el Colegio de San Bartolomé.
Activo y de carácter fogoso y violento, desde los 17 años escribió literatura, fundó varios periódicos en Colombia y se batió a duelo en diversas ocasiones, en algunas de las cuales resultó herido de cierta consideración. Se marchó a vivir a la capital francesa en 1864.
El poeta y orador salvadoreño Dr. Francisco Esteban Galindo (1850-1896) dedicó su drama en verso Dos flores o sea Rosa y María, publicado por la revista El correo de ultramar (París, 1872) y reproducido por El pensamiento (San Salvador, 1896), órgano de difusión mensual de la sociedad científico-literaria La nueva generación. La parte literaria de El correo de ultramar (importante revista de pretensiones universales, con multitud de grabados en metal, publicada en castellano en París, entre 1842 y 1886), la dirigía el propio Torres Caicedo, contratado por el director general y empresario financista Xavier de Lasalle y Mélan.
Del 18 al 22 de julio de 1875, coordinó el Primer Congreso Internacional de Americanistas (Nancy, Francia), mientras que del 23 al 27 de julio de ese mismo año hizo lo propio en el Congreso de Propiedad Literaria (Viena, Austria).
Durante una estadía en la ciudad de San Salvador, el doctor Torres Caicedo fue uno de los fundadores de la Academia de la Lengua de Centro-América, germen de la primera Academia Salvadoreña de la Lengua, establecida el 17 de noviembre de 1875 y aprobada por la Real Academia Española el 19 de octubre de 1876.
Por esas mismas fechas, fue designado representante diplomático salvadoreño ante Francia y la Santa Sede y socio honorario de la Universidad Nacional de El Salvador por el Consejo Superior de Instrucción Pública, como se denominaba desde el 6 de septiembre de 1859 al ahora conocido como Consejo Superior Universitario de la Universidad de El Salvador.
Asentado en París como representante diplomático de casi todas las naciones de Centro América, en 1878 recibió el diploma que lo acreditaba como miembro de honor de la Sociedad Literaria El porvenir, con sede en la ciudad de Guatemala. En colaboración con Joseph Laferrière, en ese mismo año redactó en francés el cuaderno Noticia histórica y estadística de la República del Salvador. Exposición Universal de 1878, escrito e impreso en París.
Colaborador en castellano de las páginas parisienses de El fígaro, La linterna y La France, se casó en 1880 con Ana Seminario -quien se encontraba de visita en la casa de sus progenitores-, compañera con la que estableció su casa en la calle de Fortuni, cerca del parque de Monceaux, y con la que procreó dos hijos.
En 1884, acompañó al presidente salvadoreño Dr. Rafael Zaldívar durante su gira europea, en cuya parada madrileña tuvo ocasión de asistir junto con él y el general y abogado Dr. Luciano “Gato” Hernández, entonces Ministro de Instrucción Pública, a una sesión de la Real Academia de la Lengua, especialmente montada para recibir al mandatario centroamericano. Para entonces, Torres Caicedo ya se desempeñaba como enviado extraordinario y ministro plenipotenciario de El Salvador ante los regímenes de Francia, Bélgica, Holanda, Inglaterra, España y Alemania.
Después de varios años de servicio activo, uno de cuyos éxitos fue la gestión efectiva para la visita de militares y educadores franceses a El Salvador (1879-1885), el gobierno salvadoreño del general Francisco Menéndez le retiró a sus funciones diplomáticas. No quería confiar las relaciones con Europa a un hombre que había tenido tan buenas relaciones con el gobierno anterior, depuesto por la revolución encabezada por el militar y agricultor ahuachapaneco.
Consejero personal del presidente francés Mariscal de MacMahon, fue condecorado con la Gran Cruz de Oficial de la Legión de Honor e integró los cuerpos colegiados de institutos y academias científico-literarias de Turín, París, Roma, Madrid y diversas ciudades de Brasil.
Autor de decenas de libros, prólogos, introducciones, entre otras obras publicó Flora y las floras (1859), Religión, patria y amor (poemas, 1863), Ensayos biográficos y de crítica literaria sobre los principales poetas y literatos hispano-americanos (tres tomos, 1863), De la pena de muerte (1864), Los principios de 1789 en América (1865), Unión latino-americana, Estudios sobre el gobierno inglés y la influencia anglo-sajona (2 tomos, 1865), Mis ideas y principios (1875), La autoridad y la libertad, el derecho y el deber (tres tomos, s.f.), etc.
Sus intensas y tesoneras vigilias de trabajo académico, unidas a una constitución física delicada por la edad, lo condujeron a los oscuros callejones de la locura. Terminó sus días, el 25 de septiembre de 1889, amarrado al pie de un poste, en el asilo para orates o manicomio de Charenton, en París.
Fue sepultado en el cementerio patrimonial del Père Lachaise, uno de los más visitados del mundo. El pintor salvadoreño Mauricio Villacorta escribió una esquela para el diario La unión -dirigido en San Salvador por el poeta Rubén Darío, que apareció en la edición del sábado 16 de noviembre de ese año.
Ciento treinta años después de su fallecimiento, una parte de la obra del Dr. Torres Caicedo aún funciona en la Casa de las Academias, sobre la capitalina alameda Juan Pablo II.
Cada sesión de trabajo, cada publicación, cada investigación de la Academia Salvadoreña de la Lengua le rinde un silencioso homenaje a este colombiano universal que contribuyó a la fundación de la entidad cultural más antigua de El Salvador.