Zelaya, Abogado y Notario del República, debuto en primera división en 1953 con el Juventud Olímpica, equipo en el que jugó junto a figuras de la época, como René Gutierrez, Cheyo Mejia, Corado Miranda, la “Chapuda” Reyes, Julián Linares entre otros y con el que quedó subcampeón nacional ese mismo año, luego de perder ante el Independiente de San Vicente y que el Dragón de Juan Francisco “Cariota” Barraza, aprovechará el traspié del equipo de la “Franja Dorada” y lo superase por puntos.
En 1954, “Pepi” Zelaya, contribuye a escribir una de las páginas más gloriosas del fútbol nacional, pues luego de obtener la clasificación a la séptima edición de los Juegos Centroamericanos y del Caribe que se disputaron en México, en el año 1954, logran obtener la Medalla de Oro, luego de empatar en el primer partido contra Colombia (2-2), ganar a Cuba 3-1, al anfitrión con marcador de 3-2 y 1-0 a Panamá en el primer partido. Fue una de las dos medallas de oro que se logró en esos juegos.
Posteriormente Zelaya fue fichado por el Equipo de la Universidad El Salvador, equipo donde termina retirándose luego de jugar algunas temporadas en primera división y obtener el titulo de esa Universidad en Doctor en Jurisprudencia y Ciencias Sociales, profesión que ejerció y en la que se destaco por más de cuarenta años, hasta la fecha de su muerte, Descansa en Paz, Pepi Zelaya, futbolista de oro del balónpie nacional.