Aunque son varios casos que documenta la historia del país sobre expresidentes que han sido acusados de uso indebido de fondos públicos y apropiación ilícita, entre otros delitos, pocos han logrado ser enjuiciados, pero el caso no procedió a más.
De acuerdo con datos históricos de El Salvador, Francisco Flores no ha sido el primer exmandatario en enfrentar un proceso judicial.
Con el de Flores se enumeran por los menos tres más:
1. El Dr. Rafael Menjívar, quien gobernó el país del 1 de mayo de 1876 al 6 de abril de 1884 y después del 21 de agosto del mismo año hasta el 14 de mayo de 1885.
Él fue acusado de apropiación indebida de recursos públicos y pese a que se le embargaron sus bienes y fue sometido a juicio por el general Francisco Menéndez, el cual duró años, al final fue perdonado por un indulto emitido por el gobierno de Rafael Antonio Gutiérez en 1897.
2. El general Maximiliano Hernández Martínez, quien gobernó El Salvador de 1931 a 1944, fue procesado por malversación de recursos públicos que tras culminar su mandato mantuvo abierto por una década, sin que al final el caso procediera.
3. Salvador Castaneda Castro, quien gobernó del 1945-1948, fue acusado por presuntos actos de corrupción cometidos durante su administración e investigado por un tribunal especial que estableció el Gobierno Revolucionario, sin embargo, Castaneda fue indultado y absuelto de cargo luego de una evaluación médica por su mal estado de salud
4. Francisco Guillermo Flores Pérez, presidente en el periodo de 1999-2004, enfrentará un juicio bajo los cargo de peculado, enriquecimiento ilícito y desobediencias a particulares por un millonario donativo de Taiwán tras los terremotos de 2001.
El Juzgado Séptimo de Instrucción determinó que el exmandatario irá a prisión, mientras sigue la fase a juicio.