El gobierno de China (Taiwán) a través de su cancillería reconoció en su momento que la administración presidencial de Francisco Flores utilizó “de manera transparente y eficiente los fondos de cooperación brindados” para implementar proyectos de beneficio comunitario, según un informe enviado en noviembre de 2013 a la cancillería salvadoreña. 
El informe está incluido en el proceso judicial que se le sigue al expresidente Flores, bajo la acusación de haber desviado, supuestamente, 10 millones de dólares de la cooperación de Taiwán para fines electorales y personales, según la Fiscalía General.
En el documento del Ministerio de Relaciones Exteriores de la República de China (Taiwán) se establece además que los proyectos relacionados con el bienestar del pueblo salvadoreño presentados por El Salvador, fueron “en su momento debidamente tramitados por ambas partes, de conformidad con las normas vigentes de auditoría de cada país, y los fondos fueron entregados en actos públicos”.
Ante tal revelación, Edgar Morales Joya, abogado defensor del expresidente Flores, señaló que “Taiwán en ningún momento ha cuestionado ni ha reclamado adónde fueron a dar sus fondos”.
Explicó que los 10 millones de dólares con los que acusan al expresidente Flores de haberlos desviado de su destino original, no corresponden al financiamiento de nueve proyectos comunitarios que se ejecutaron entre los años 2000 y 2003.
Morales Joya explicó que no hay forma de vincular los cuatro cheques que suman 10 millones de dólares y que aparentemente están a nombre del expresidente con los nueve proyectos que según la Fiscalía y los acusadores particulares no se ejecutaron a favor de afectados de los terremotos de enero y febrero de 2001.
“Si hay cheques de Taiwán que originan una cuenta (en Costa Rica) y está toda la investigación de que esos fondos fueron a parar a la campaña (presidencial) de (Antonio) Saca, de eso no hay ningún cuestionamiento, ahí está establecido, pero que esos cheques correspondan a esos programas (de ayuda), eso es lo que no existe”, dijo.
Aseguró que el hecho de que esos cuatro cheques estaban a nombre de Flores, no significa necesariamente que él los recibió, porque bien pudo otra persona haberlos recibido e ir a abrir la cuenta a Costa Rica.
“El señor Flores no aparece en nada vinculado con esas cuentas, él no depositó, él no aperturó la cuenta, él no es el titular de la cuenta”, afirmó el defensor. Agregó que no existe ni testigo ni documento alguno que demuestren que el expresidente haya recibido esos cheques.
“Estamos ante un caso sin pruebas, fundamentado nada más en las afirmaciones, en las palabras pero no en pruebas, nada de las afirmaciones de la querella y de la Fiscalía tienen una probanza”, dijo.
Tampoco le pueden probar de que él endosó (firmó) esos cheques para que sean cobrados por otras personas, según Morales Joya, porque no existe un peritaje que confirme que esa firma corresponde a la del expresidente Flores, ya que no se cuenta con los originales de los cheques y la ley no permite hacer peritajes de la firma en fotocopias.
Morales Joya sostuvo que tanto la FGR como la querella (acusadores particulares) han presentado acusaciones por separado, pero que no tienen ningún fundamento legal.
En ese sentido, aseguró que a Flores no lo pueden acusar de peculado (apropiarse de fondos o recursos del Estado) porque el Presidente de la República no administra los fondos destinados a las instituciones de Gobierno.
Tampoco encaja el delito de enriquecimiento ilícito porque desde que salió de la Presidencia de la República, el patrimonio de Flores ha tenido un decrecimiento, según las declaraciones de renta.
Morales Joya aseguró que los querellantes (acusadores particulares) no pueden ser parte del proceso porque representan a Fespad, que es una Fundación, y las fundaciones no están autorizadas por la Ley para actuar en ese sentido, y en el caso de la asociación Iniciativa Social para a Democracia (ISD), el poder especial para representarla en el juicio ha sido otorgado por una persona distinta a la que fue designada por la Junta Directiva de la referida asociación.