En enero de 2016 se dio a conocer la reunión que tuvieron Kate del Castillo y Sean Penn con Joaquín Chapo Guzmán. El hecho fue publicado en la revista Rolling Stone.
Días después la Procuraduría General de la República y ahora Fiscalia General de la República informó que la actriz era investigada por operaciones ilícita y lavado de dinero con el Cártel de Sinaloa.
También fue citada a declarar como testigo tras interceder para que Sean Penn entrevistara al narcotraficante. Ya que el gobierno obtuvo parte de la comunicación que tuvo Kate con Joaquín Guzmán para el encuentro que tuvieron en octubre del 2015. En el 2017, ella demandó a la PGR por presunta persecución y violación a sus derechos cuando fue investigada.
La actriz permaneció en Estados Unidos cuando sintió que era perseguida por las autoridades de la administración de Enrique Peña Nieto, a quien acusó de montar un juicio mediático en su contra.
En diciembre de 2018 regresó a México y dijo: "El Estado mexicano me persiguió y me atacó por mi condición de mujer y figura pública y por ser una crítica del gobierno (de Peña Nieto) o por entrevistar al hombre más buscado del mundo o por exhibir a las autoridades que permitieron su fuga".
Kate tiene 26 meses de estar en México y durante este tiempo ha buscado que "se le repare el daño moral y material que sufrió por la persecución política", de la dice fue víctima durante los últimos tres años de la administración de Peña Nieto.
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Según una publicación de Milenio, la FGR ha rechazado darle la calidad de víctima, como lo ha solicitado la actriz por la persecución de las autoridades del gobierno pasado. "Dicho reconocimiento de víctima es vital para que progrese su demanda por responsabilidad patrimonial del Estado por USD 60 millones", cita el medio.
Ante esto, la actriz promovió un amparo ante el Juzgado Tercero de Distrito de Amparo en Materia Penal en la Ciudad de México, recurso a través del cual reclama que Subprocuraduría Especializada en Investigación de Delitos Federales ha sido omisa en reconocerla y otorgarle la "calidad de víctima".
La actriz asegura en su demanda que presentó la denuncia desde el 14 de junio de 2020. También tiene otro juicio porque Subprocuraduría Especializada en Investigación de Delincuencia Organizada (Seido) no ha acatado la resolución en relación con la entrega de una copia certificada de la averiguación que inició en su contra, situación que se dio a conocer a finales de febrero.
Habrá que recordar que la reunión entre Joaquín Guzmán y Del Castillo se propició porque compartió en su Twitter una carta en enero del 2012, en la que indicó lo siguiente: "Hoy creo más en El Chapo Guzmán que en los gobiernos que me esconden verdades, aunque sean dolorosas, quienes esconden la cura para el cáncer, el sida, etc. Para su propio beneficio y riqueza".