En materia de política exterior, la Canciller fue María Eugenia Brizuela de Ávila, la administración Flores se destacó por estrechar fuertes lazos de amistad con países como Estados Unidos y España, con quienes posteriormente sostuvo importantes relaciones comerciales y políticas.
Pero fue con el presidente norteamericano George W. Bush de quien obtuvo el mayor apoyo para proyectos importantes para los salvadoreños como el inicio del Estatus migratorio Temporal (TPS, por sus siglas en inglés).
A raíz de los terremotos de enero y febrero de 2001, que dejó al país en una crítica situación económica, Flores logró que Estados Unidos aprobara que unos 263 mil salvadoreños que emigraron ilegalmente a ese país antes de la fecha de los terremotos, pudieran trabajar legalmente en dicha nación por 18 meses.
Además del permiso, Bush otorgó en ese mismo año una ayuda de $52 millones y de otros $58 millones en 2002.
La seguridad migratoria que el TPS le dio a los compatriotas le significó al país 200 millones de dólares adicionales en remesas familiares.
Este beneficio para ese número de salvadoreños continúa vigente, ya que cada año, el gobierno estadounidense extiende una nueva prórroga.
Además del TPS, el gobierno de Flores realizó las negociaciones para la posterior firma de un acuerdo comercial que llevó al Tratado de Libre Comercio (TLC), el cual fue oficializado en la administración que lo sucedió.
La relación entre Francisco Flores y George W. Bush llegó a tal cercanía que en una visita realizada en 2002 a El Salvador, Bush expresó que era un honor llamar “amigo” a su homólogo salvadoreño.
Flores correspondió con otro halago: que había tenido algunos honores en su vida, pero “ninguno tan alto como que el presidente Bush me llame su amigo”.
Esta cercanía también contribuyó a que se firmara un acuerdo entre ambos gobiernos para que Estados Unidos estableciera un centro de monitoreo para el combate contra el narcotráfico, en Comalapa. Este centro sigue funcionando en la actualidad.
Pero también sostuvo estrechas relaciones y apoyo recíproco con otros gobiernos como el de José María Aznar, de España.
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Una muestra de ello fue cuando Flores apoyó una declaración contra el terrorismo ocasionado por la organización vasca ETA en la X Cumbre Iberoamericana, en el 2000 en Panamá, donde encaró al entonces presidente cubano Fidel Castro, luego que este acusara a El Salvador de proteger al anticastrista Luis Posada Carriles.
Cinco veces viajó Flores a España, lo cual puso de manifiesto las fuertes relaciones entre España y El Salvador, entre ellas cuando asistió junto a su esposa Lourdes a la boda de Felipe y Letizia, actuales reyes.
Otra muestra de esa relación fue cuando en 2003, El Salvador envió un batallón a Iraq para colaborar en “tareas de reconstrucción”. Las tropas salvadoreñas enviadas a ese país, estuvieron bajo la coordinación de las tropas españolas.