Las autoridades salvadoreñas iniciaron la noche del viernes el operativo de captura de los militares requeridos por España por estar implicados en la muerte de los jesuitas.
Al filo de la medianoche se confirmaba la captura de los subsargentos retirados Antonio Ramiro Ávalos Vargas y Tomás Zarpate Castillo, ambos exmiembros del desaparecido Batallón Atlacatl.
Los arrestos se produjeron en la jurisdicción de Lourdes, Colón.
A las puertas de la División Central de Investigaciones (DCI), los familiares de Zarpate dijeron que la policía había abusado de autoridad, que le golpearon, le apuntaron con pistolas y no le leyeron sus derechos al reo. 
“Si lo que se busca es justicia está bien, pero que recuerden que ellos actuaron por órdenes”, declararon los parientes.
“Que los traten con dignidad, que les cuiden por sus enfermedades, son personas mayores con daños por lo que han vivido. No es justo que a su edad anden corriendo de un lado para otro, como animales”, dijo otro familiar de Zarpate Castillo.
Se informó además que habría habido operativos en Jiquilisco y Berlín, Usulután.
Los detenidos serían llevados a la Dirección Central de Investigaciones de la PNC.
Las autoridades también cercaron la casa del coronel Carlos Mauricio Guzmán, exdirector de la extinta Policía Nacional (PN), en la colonia Arce de esta capital, pero no fue encontrado.
De igual manera se informó que también fue allanada la casa del general retirado Juan Orlando Zepeda, exviceministro de la Defensa.
El abogado de los militares, Lisandro Quintanilla, señaló que tenía conocimiento de que había allanamientos en 13 lugares por órdenes de varios juzgados de San Salvador, y consideró que esto no era más que un “show mediático”.
El crimen tuvo lugar el 16 de noviembre de 1989, cuando fuerzas del Ejército salvadoreño asesinaron al rector de la Universidad Centroamericana (UCA), el español Ignacio Ellacuría, y a otros cinco sacerdotes: los también españoles Amando López, Juan Ramón Moreno, Segundo Montes e Ignacio Martín Baró, así como el salvadoreño Joaquín López y López.
También fueron asesinadas la cocinera Elba Julia Ramos y su hija Celina, de 16 años, ambas salvadoreñas.
El 5 de enero el juez de la Audiencia Nacional español Eloy Velasco reiteró la orden de detención contra los militares salvadoreños para poder pedir su extradición a España.
Entre los militares a los que el juez pidió detener por delitos de asesinato terrorista y lesa humanidad destaca el excoronel salvadoreño Inocente Orlando Montano, cuya extradición fue solicitada por España a EE.U.U y concedida este 5 de febrero. En ese país el salvadoreño cumplía una condena de 21 meses de cárcel por fraude migratorio. 
El resto son: el exministro de Defensa Rafael Humberto Larios, Juan Rafael Bustillo, Juan Orlando Zepeda, José Ricardo Espinosa, Gonzalo Guevara, Francisco Elena Fuentes, Oscar Mariano Amaya, Antonio Ramiro Ávalos, Ángel Pérez Vasquez, Tomás Zarpate Castillo, José alberto sierra, Guillermo Alfredio Benavides, Joaquín Arnoldo Cerna, Carlos Mauricio Guzmán, Héctor Ulises Cuenca y Oscar Alberto León Linares.
Eloy Velasco pidió en agosto de 2011 la detención de veinte militares presuntamente implicados en la matanza, pero entonces la Corte Suprema de Justicia de El Salvador limitó el alcance de las mismas a la búsqueda y localización, negando la captura y posterior entrega a España.
Agentes policiales salen de la casa de militar Carlos Mauricio Guzmán tras allanamiento por caso Jesuitas. pic.twitter.com/e5g3yxUF5G
— elsalvador.com (@elsalvadorcom) February 6, 2016