Francisco Flores Pérez nació en Santa Ana el 17 de octubre de 1959. Estudió en la Escuela Americana en San Salvador y luego, filosofía en el Amherst College en Massachusetts, Estados Unidos. Posteriormente, realizó estudios en ciencias políticas en Reino Unido.
Flores ingresó en la política luego del asesinato de su suegro, José Antonio Rodríguez Porth, Secretario Privado de la Presidencia de la República en el gobierno de Alfredo Cristiani. Inició como Viceministro de Planificación. En 1994 fue electo Diputado de la Asamblea Legislativa. Luego, el presidente Armando Calderón Sol lo nombró Secretario de Información de la Presidencia de la República.
Candidato y presidente
En marzo de 1998, el partido ARENA anunció que Francisco Flores sería el candidato a la presidencia. Flores se enfrentó en elecciones a Facundo Guardado, candidato del FMLN, y el 1 de junio de 1999, a sus 39 años, se convirtió en Presidente de la República de El Salvador.
Durante su periodo, el país se dolarizó en 2001. El mandatario, también, tuvo que hacer frente a los daños a causa de dos terremotos (13 de enero y 13 de febrero de 2001). Su periodo como Jefe de Estado finalizó en junio de 2004.
Después de la presidencia
Después de su período de gobierno, Flores presentó su candidatura para optar por el cargo de Secretario General de la OEA. Finalmente optó por deponer su candidatura por falta de apoyo y el chileno José Miguel Insulza fue electo secretario.
En mayo de 2014, el ahora exfiscal general de la República, Luis Martínez, informó que se presentó “requerimiento con detención contra el expresidente Francisco Flores Pérez, por tres delitos: peculado, enriquecimiento ilícito y desobediencia”. Esto, en relación a donativos provenientes del Gobierno de Taiwán por los terremotos de 2001.
En diciembre de 2015, el Juzgado Séptimo de Instrucción envió al exmandatario a juicio, acusado de peculado.