Los salvadoreños que quedaron residiendo en territorio hondureño, tras resolverse el diferendo limítrofe, han tenido que enfrentar muchos problemas.
El Salvador tenía 21,040 kilómetros cuadrados y tras la sentencia de La Haya, quedó con 20,608 kilómetros cuadrados.
Se estimó en esa época, que cien mil salvadoreños quedaron en territorio hondureño, con problemas de nacionalidad.
El 15 de diciembre de 2000 dos salvadoreños fueron baleados en Nahuaterique por soldados hondureños. José de la Paz Gómez y Pedro Rivera fueron heridos al ser acusados de tala ilegal de madera. Tras ser operados en El Salvador, se recuperaron de las heridas.
Otro salvadoreño, Luciano García, fue capturado en la zona limítrofe con Honduras. Fue llevado a la cárcel de Yarula, en el municipio de Sabanetas. Luego fue trasladado al penal de Marcala. Se le acusaba de amenazas con machete.
El 14 de abril de 2005, las autoridades hondureñas detuvieron a siete salvadoreños acusados de talar ilegalmente un bosque en un sector de Nahuaterique, en la frontera con El Salvador.
En un escueto comunicado, la Policía hondureña dijo que los detenidos son José Rosendo García, José Asunción López, José de la Paz Sáenz, Santos Ever García, Nelson Enrique González, José Mauricio García y Simeon Benítez Vigil.
Miles de salvadoreños quedaron en Nahuaterique tras el fallo de 1992, y muchos de ellos se dedican al corte de madera a pesar de que la legislación hondureña establece que el bosque es nacional y, por tanto, la tala debe ser autorizada por el ente forestal del Estado.